El 29 de diciembre de 1978 cuando la División de Protección Pesquera se separó del Servicio Agrícola y Ganadero, se creó el Servicio Nacional de Pesca, SERNAP, dependiente del Ministerio de Economía.
Comenzó con una Dirección Nacional, siete unidades y direcciones regionales atendiendo macrozonas. En total, 70 funcionarios a nivel país. Luego, tras la publicación de la primera Ley de Pesca en 1991, se generó una primera gran reestructuración. Se aumentó la dotación, presupuesto, y se establecieron nuevas funciones en el marco del desarrollo tecnológico, los nuevos desafíos ambientales y las exigencias de un comercio internacional dinámico y globalizado.
En 1995, la institución fiscalizadora cambió de nombre, pasando a ser el Servicio Nacional de Pesca y Acuicultura, SERNAPESCA, como se le denomina actualmente. Y recién en 2012, se modificó el logo institucional y su imagen corporativa.
En enero de 2014, se generó una nueva reestructuración con departamentos y subdirecciones, estructura que se mantiene hasta la fecha. Hoy, a 44 años de su creación, Sernapesca cuenta con más de mil funcionarios y está presente en las 16 regiones del país, a través de 51 oficinas provinciales y comunales, en las que se incluyen también 2 insulares.
Fernando Naranjo, Director Nacional (s) de la institución fiscalizadora, señaló que “cuarenta y cuatro años de historia son relevantes para la institucionalidad pesquera del país. Somos un servicio público que va adaptándose a los cambios dinámicos de la actividad económica pesquera, acuícola y sus ecosistemas. Nuestra misión es velar por el cumplimiento normativo para contribuir a la sustentabilidad del sector y a la protección de los recursos hidrobiológicos. Esperamos seguir fortaleciendo al Sernapesca, entregando un servicio de excelencia, facilitando el cumplimiento normativo de usuarios y usuarias y fiscalizando la inocuidad alimentaria para que Chile pueda seguir contribuyendo a la alimentación mundial con pescados y mariscos de alta calidad”.